一見、平和に見える沖縄に、悪の軍団・マジムンが現れた。
そんな、沖縄に最大の危機がせまっているそのとき、マブイストーンの守り神の"マブイ（沖縄の方言で魂）"が平凡な青年・叶を引き寄せた。叶は正義の戦士"琉神マブヤー"に変身し、マジムンに奪われた9つの「マブイストーン（魂の石）」を取り戻すべく立ち向かう。

"マブイストーン"にはそれぞれ「ウチナーグチ（沖縄の方言）」「てーげー（適当）」「エイサー」など、様々な沖縄ならではの精神や風習の意味があり、マジムン達に奪われると、沖縄の人々はその存在を忘れてしまう。その度に琉神マブヤーが「たっぴらかす（叩きのめす）」という言葉と共に、必殺技「スーパー・メーゴーサー」などを繰り出し、"マブイストーン"を奪い返し、人々がその沖縄の良さを再認識していく。